کميته های ستاد مرکزي اربعين حسيني به شرح ذيل است:

1-کميته فرهنگي آموزشي

2-کميته حمل و نقل جاده اي

3-کميته مشارکت مردمي، اسکان و تغذيه

4-کميته زير ساخت

5-کميته سياسي کنسولي

6-کميته خدمات شهري

7-کميته اعزام

8-کميته اطلاعاتي

9-کميته نظارت و ارزيابي

10-کميته امينتي و انتظامي

11-کميته امداد و نجات

12-کميته بهداشت و درمان

13-کميته اطلاع رساني و مستند سازي